Il se trouve le long de la via Sacra, parcours préféré des pèlerins qui se rendent au Monte S. Angelo.
C’est aujourd’hui un charmant et accueillant village, riche d’histoire millénaire de foi et de culture. Cette petite ville de Gargano a acquis un important développement culturel, social, économique et religieux avec la venue du Frère capucin  Padre Pio de Pietralcina, l’humble frère des stigmates, qui ici vécu et œuvra.
La mémoire du frère est telle que S. Giovanni est la destination d’un pèlerinage religieux intense.
En Janvier 1940 par la volonté de Padre Pio la fondation d’un grand hôpital appelé  “ Casa Sollievo della Sofferenza” a commencé. Aujourd’hui c’est l’un des hôpitaux les plus importants  d’Italie pour les équipements et  les services.
En plus de l’hôpital, on peut admirer le Couvent des Capucins restructuré, Le Cénacle de Sainte Claire, la maison de repos, la maison des exercices spirituels de Padre Pio, le Centre de réhabilitation moteur, la nouvelle église et la via Crucis.
Padre Pio est un personnage religieux qui rappelle les fidèles du monde entier, que ce soit par l’immensité de son esprit que par les miracles qu’il a accompli.

Il est mort à l’âge de 81 ans, le 23 Septembre 1968, mais son esprit est toujours présent. Le 23 Septembre de chaque année, la petite ville se remplit de centaine de bus d’où descendent milliers de pèlerins dont la destination est la tombe de Padre Pio. San Giovanni Rotondo en ces dernières années s’est doté d’hôtels très aménagés pour faire face au tourisme religieux.