Si trova lungo la via Sacra, percorso prediletto dai pellegrini che si recavano a Monte S. Angelo.
E’ oggi un ridente e accogliente paese, ricco di storia millenaria di fede e di cultura. Questa cittadina garganica ha acquistato un notevole sviluppo culturale, sociale, economico e religioso con la venuta del Frate cappuccino Padre Pio da Pietralcina, l’umile frate dalle stimmate, che qui visse e operò.
La memoria del frate è tale che S. Giovanni è meta d’un intenso pellegrinaggio religioso.
Nel gennaio del1940 per volontà di Padre Pio ha inizio la fondazione di un grandioso ospedale chiamato “ Casa Sollievo della Sofferenza”. Oggi è uno degli ospedali più importanti d’Italia per attrezzature media, reparti.

Oltre all’ospedale, si può ammirare il Convento del Cappuccini ristrutturato, Il Cenacolo di Santa Chiara, la casa di riposo, la casa degli esercizi spirituali di Padre Pio,il Centro di riabilitazione motorio , la nuova chiesa e la via Crucis.
Padre Pio è un personaggio religioso che richiama fedeli da tutto il mondo, sia per l’immensità del suo spirito e sia per i miracoli che ha compiuto.

E’ morto all’età di 81 anni, il 23 settembre del 1968, ma il suo spirito è sempre presente. Il 23 settembre di ogni anno la cittadina si riempie di centinaia di pulmans da cui scendono migliaia di pellegrini la cui meta è la tomba di Padre Pio. San Giovanni Rotondo in questi ultimi anni si è dotato di attrezzatissimi alberghi per far fronte al turismo religioso.